CUBRID 매니저의 구조는 아래 그림과 같다. 데이터베이스 서버가 설치된 호스트에 CUBRID 매니저 서버가 동작하고, 이 CUBRID 매니저 서버에 CUBRID 매니저 클라이언트가 접속한다.
CUBRID 매니저 서버는 cub_auto 프로세스와 cub_js 프로세스로 구성된다. CUBRID 매니저 클라이언트에서 CUBRID 매니저 서버에 접속하기 위해서는 반드시 CUBRID 매니저 서버가 구동되어 있어야 하며, cub_auto 프로세스와 cub_js 프로세스와 상응하는 네트워크(TCP/IP) 포트가 설정되어 있어야 한다. 질의를 수행하기 위해서는 JDBC 연결을 위한 브로커도 구동되어 있어야 한다.
서버 구동에 대한 상세한 정보는 CUBRID 매니저 서버 환경 설정을 참고한다.